Diplômé de l’Institut d’études politiques de Strasbourg, François Séners a été nommé sous-préfet en Indre-et-Loire à sa sortie de l’ENA en 1983 (promotion « Solidarité »). Directeur du cabinet du préfet des Yvelines de 1984 à 1986, puis sous-préfet de Saint-Martin et Saint-Barthélemy (1986-1989), il a été conseiller technique au cabinet du ministre des départements et territoires d’outre-mer et porte-parole du gouvernement de 1989 à 1992.

Nommé Directeur adjoint du cabinet du ministre des départements et territoires d’outre-mer de 1992 à 1993, il est devenu conseiller au tribunal administratif de Nice de 1993 à 1996. Il a ensuite exercé les fonctions de conseiller technique chargé de l’outre-mer au cabinet du Premier ministre (1996-1997) avant d’être nommé maître des requêtes et d’intégrer la Section du contentieux du Conseil d’État où il fut notamment commissaire du Gouvernement de 2001 à 2008.

Directeur de cabinet du garde des Sceaux entre 2008 et 2009, puis conseiller du Premier ministre, il a occupé de 2009 à 2011 les fonctions de directeur, adjoint au secrétaire général du gouvernement. Il a été nommé en 2011 assesseur à la Section du contentieux du Conseil d’État jusqu’à sa prise de fonction en tant que secrétaire général du Conseil d’État.